inputフォルダにサブフォルダを作って、その中に入れたシェープファイルが表示されない場合の原因として考えられるものです。

１．シェープファイルが緯度経度形式でない場合（バージョン3.6以前）

　シェープファイルの座標系は、測地系（注１）と投影法（注２）の二つの組み合わせで指定されていて、バージョン3.6以前の本アプリで表示可能なのは、測地系が世界測地系、投影法が緯度経度形式（注３）のものです。世界測地系のファイルであっても、投影法がUTM座標系や平面直角座標系（いわゆるXY座標系）のものは表示できません。

　その場合は、GISソフト等で緯度経度形式に変換してからinputフォルダに入れる必要があります。

　なお、バージョン3.7以降であれば、これらのファイルも表示可能です。

注１：世界測地系と日本測地系など

注２：位置座標が緯度経度そのままの場合（北緯○○．○○○度、東経○○．○○○度）が緯度経度形式や、丸い地球表面を平面に投影して基準点からの距離（東に○○○ｍ、北の○○○m）のように示したものがUTM座標系などの違い

注３：緯度経度形式を投影法というのはおかしいような気もしますが．．．

２．マルチポイントやZ値、M値を持ったシェープファイルの場合（バージョン3.6以前）

　本アプリで表示できるシェープファイルは、通常よく持ちいれるポイント形式、ライン形式（シェープファイルの仕様書上の名称はポリライン。GISソフトによってはそのように表示されます。）、ポリゴン形式です。

　シェープファイルにはそのほか、マルチポイントやZ値、M値を持ったポイント、ライン、ポリゴンなどの形式もあって、それらはバージョン3.6以前の本アプリでは表示できません。

　その場合は、GISソフト等で通常のポイント、ライン、ポリゴンのいずれかに変換してからinputフォルダに入れる必要があります。

　ただ、QGISだとZ値、M値を持ったファイルも、通常のポイント、ライン、ポリゴンとしか表示されないらしいので、他のGISソフトがないとそのようなファイルであるか分からないかもしれません（解決になってなくて、すいません）。

　なお、バージョン3.7以降であれば、これらのファイルも表示可能です。

３．マルチパッチ形式のシェープファイルの場合（全てのバージョン）

　マルチパッチ形式のシェープファイルには現在対応していません。

４．ファイルに問題がある場合（バージョン3.7）

　読み込ませようとした際に、「シェープファイル　○○○.shp　は正常に読み込めませんでした」というメッセージが出る場合は、対象のシェープファイルが内部的に（地理的にではなく、ファイルの内部構造的に）壊れていたり、シェープファイルの仕様に合致していないなど、ファイルに問題がある可能性があります。

　そのようなファイルでもQGISなどのGISソフトで読み込める場合は、「名前を付けて保存」（QGISの場合）で新しいファイルに書き出すと修正される場合がありますので、そのようにしたものをinputフォルダに入れ直してみて下さい。